Binnenlandse vluchten
Voor heel lange afstanden of om de eilanden te bereiken wint het vliegtuig van de trein. De vlagdragers zijn ANA en JAL, en die bestaan naast de low cost Peach, Jetstar Japan en ZIPAIR. Een Tokio–Sapporo (Hokkaido) of een Tokio–Okinawa is veel sneller met het vliegtuig dan met de trein, en met weken vooruit reserveren bieden de low cost tarieven die onder de 30–60 € per traject kunnen zakken. Zowel ANA als JAL hebben passen voor binnenlandse vluchten voor buitenlandse toeristen (ANA Experience Japan Fare, JAL Explorer Pass) met heel competitieve vlakke tarieven op lange routes. Voor Hokkaido, Okinawa of het zuiden van Kyushu vergelijk altijd vlucht tegenover Shinkansen.
Veerboten
Japan is een archipel, dus de veerboten dekken routes die de trein niet bereikt: tussen eilanden in de Seto-binnenzee, naar Hokkaido, de eilanden van Okinawa of kleine bestemmingen. De meeste toeristen gebruiken alleen korte en heel concrete veerboten, zoals de JR-veerboot naar Miyajima (inbegrepen in de JR Pass) tegenover Hiroshima, of de boten van de Hakone-lus over het Ashi-meer. Voor lange overtochten tussen eilanden bestaan nachtelijke veerboten met hut, een goedkoop maar traag alternatief.
Taxi\'s
De taxi in Japan is veilig, schoon en eerlijk (ze blazen de prijs niet op), maar duur voor doorlopend gebruik. Het starttarief ligt rond 500–700 ¥ en elke kilometer voegt zo\'n 100–150 ¥ toe, zodat een stadsrit van 10 km makkelijk 30–40 € kan kosten. Het heeft zin voor zware bagage, bestemmingen zonder metro \'s nachts of als jullie met vier personen zijn en het deelt. De app GO laat je in vrijwel het hele land een taxi bestellen met een interface in het Engels en betaling met kaart.